在单机游戏火影忍者：究极风暴羁绊中，玩家主要可以体验两个大型剧情模式，共包含数十个关卡与战斗节点，其中作为关键战斗的BOSS战对手超过三十位。
游戏的主要单机内容分为历史模式和特殊故事模式两大部分。历史模式说白了就是把火影忍者原作的经典剧情从头到尾走一遍，从最开始的鸣人下忍修行篇，一直到第四次忍界大战结束。这个模式的关卡数量非常多，基本上是按照原著的重要篇章来划分的，比忍考试篇、佐助夺还篇、佩恩入侵篇等等，每一篇里都包含好几场关键战斗。你需要面对的第一个难关。
除了回顾历史的模式，本作还专门制作了一个全新的特殊故事模式，这是独立的原创剧情。这个模式的流程相对历史模式要短一些，关卡数量也更集中，但它的剧情是全新的，讲述的是在第四次忍界大战之后、博人传之前发生的一段全新冒险。在这个模式里，你同样会遇到强大的新老对手，并迎来全新的最终结局，其最终的BOSS战同样是游戏的高潮部分。
游戏几乎汇集了整部作品中出现过的所有强力忍者。从早期的桃地再不斩和宇智波鼬，到中期的晓组织成员如迪达拉和角都，再到后期战争中的历代火影和宇智波斑，直至最终的大筒木辉夜等，都会作为BOSS登场。在特殊故事模式中，你还需要面对为这个模式专门设计的强大对手。每一场BOSS战都力求还原动画中的经典招式与震撼场面，战斗体验各不相同。
