角色之间的冲突并非简单的数值对抗，而是基于原著设定和游戏机制的双重体现。六道仙人模式的鸣人与轮回眼佐助作为核心角色，在游戏中分别继承六道之力的阴阳遁和仙术，两者的技能设计存在明显的互补性。鸣人擅长范围性爆发输出，而佐助则以单体高伤和控制见长，这种差异化的定位使得他们在组队时能够形成高效配合，但若在PVP中对战则可能因技能克制关系产生冲突。游戏通过还原原著中两人亦敌亦友的羁绊，将这种冲突转化为策略性对抗的乐趣。

从阵营系统的角度来看，游戏内角色冲突更多体现在千手一族与宇智波一族的阵营加成设定上。当玩家上阵同阵营角色时会激活额外属性增益，但若混搭敌对阵营角色则可能触发特殊的debuff效果。例如同时上阵因陀罗转世角色（如宇智波斑）和阿修罗转世角色（如千手柱间），虽然会损失部分阵营加成，但可能解锁隐藏的合体技。这种设计既还原了原著中两族对立的历史背景，又为玩家提供了多元化的阵容构建思路。

尾兽系统进一步丰富了角色间的潜在冲突。六道仙人曾将十尾查克拉分为九只尾兽，游戏中延续了这一设定，部分角色技能会因携带特定尾兽查克拉而产生联动或排斥。例如拥有九尾查克拉的鸣人在面对其他尾兽人柱力角色时，技能效果可能发生变异，而外道魔像（十尾躯壳）的登场则会对所有尾兽系角色造成压制效果。这种基于查克拉共鸣的机制，使得角色搭配需要考虑更复杂的能量层级关系。

竞技场玩法将角色冲突推向策略化高峰。高段位对局中，六道佩恩与轮回眼佐助的控场组合可能完全压制纯输出阵容，但遇到拥有沸遁怪力无双的六道鸣人又会陷入苦战。游戏通过精细的技能平衡设计，确保没有绝对强势的阵容，而是鼓励玩家研究角色间的克制链。部分特殊形态角色（如十尾带土）会打破常规克制关系，这种设计既增加了对战变数，也符合原著中这些角色超越常规战力的设定。

火影忍者六道轮回通过阵营设定、查克拉系统、技能联动等多维度机制，将原著中的角色冲突转化为具有深度的游戏策略。玩家需要综合考虑角色背景、技能特性和阵营关系来优化阵容，而非简单追求单卡强度。这种设计既尊重了火影忍者的世界观设定，也为游戏体验增添了丰富的战术层次。